Phần 5
Bước đầu tiên để một gene “lên tiếng”: một cỗ máy tìm đúng chỗ bắt đầu, mở sợi DNA ra, và chép gene thành một bản RNA. Đây cũng chính là thước đo “gene đang bật mạnh hay yếu”.
Nhớ lại hình ảnh Phần 4: DNA là cuốn sổ gốc cất trong kho, không mang ra ngoài. Muốn dùng một công thức, ta phải chép nó ra một bản nháp. Bản nháp đó là RNA, và việc chép gọi là phiên mã, do một cỗ máy enzyme tên RNA polymerase thực hiện, theo bốn nhịp:
Bản RNA mang thông tin đi làm protein được gọi là mRNA (RNA thông tin). RNA khác DNA ở ba điểm dễ nhớ: thường chỉ một sợi (không xoắn kép), dùng chữ U thay cho T, và kém bền hơn — rất hợp vai “bản nháp dùng tạm rồi bỏ”.
Một ý thực dụng: khi nghe nói một gene được biểu hiện mạnh hay yếu, phần lớn nghĩa là nó đang được phiên mã ra nhiều hay ít mRNA. Nên “đo mức biểu hiện của gene” thực chất là đo lượng mRNA của nó.
Vì phiên mã chỉ đọc để chép, không tiêu hao DNA: sau khi tách ra chép xong, hai sợi DNA đóng lại nguyên vẹn. Một công thức có thể được photo ra rất nhiều bản nháp — đó cũng là cách một gene tạo được nhiều protein cùng lúc (ý “khuếch đại” ở Phần 4).
Cắt–nối ở sinh vật nhân thực: gene của ta không liền một mạch mà bị xen các đoạn “thừa” gọi là intron nằm giữa các đoạn “giữ lại” gọi là exon. Bản RNA thô vừa chép xong phải được biên tập: cắt bỏ intron, nối các exon (gọi là splicing), rồi gắn thêm “mũ” đầu 5′ và “đuôi” poly-A để bảo vệ và giúp bước dịch mã.
Cắt–nối thay thế: điều tài tình là cùng một gene có thể nối các exon theo nhiều cách khác nhau → cho ra nhiều protein khác nhau. Đây chính là lời giải cho nghịch lý “chỉ ~20.000 gene mà cơ thể cần nhiều loại protein hơn thế” (Phần 1).
RNA-seq — đo cả dàn nhạc cùng lúc: kỹ thuật hiện đại cho phép đọc và đếm mọi mRNA trong một mẫu, vẽ ra bức tranh “gene nào đang bật, mạnh bao nhiêu”. Người ta so bức tranh của mô ung thư với mô lành để tìm gene rối loạn (các từ expression, upregulate, downregulate tràn ngập bài báo y sinh chính là nói về điều này).
RNA polymerase bám promoter → chép gene thành mRNA (một sợi, U thay T) mà không hao bản gốc. Sinh vật nhân thực còn cắt intron, nối exon. “Biểu hiện gene” ≈ lượng mRNA.